Чести проблеми със септични ями:
- Запушване на тръба поради нерзградени органични и неорганични отпадъци.
- Твърде много пяна по повърхността на ямата, като е възможно преливане от шахтата, ако не се вземат своевременни мерки.
- Много утайка на дъното, което намалява полезният обем на ямата и увеличава нуждата от често изпомпване.
- Стените на ямата, при не третиране с микроорганизми, се затлачват и хидропропоскливостта на почвата се намалява.
- Лоши миризми, приченени при застояване и бавно разграждане на органичните отпадаци. Миризми се отделят и от пяната образувала се при анаеробният процес по повърхността на ямата. Често пяната е знак, че на ямата и липсва нужната микрофлора за да функционира оптимално.